Действие происходит в альтернативной реальности, где 12 апреля 2008 года
(тут есть противоречие — в самой игре приведена дата 12 апреля 2008,
а на официальном сайте — 12 апреля 2006 года, хотя в игре «Зов Припяти»
указана дата 10 июня 2006 года) в 14:33 произошёл второй взрыв на
территории печально известной Чернобыльской атомной электростанции.
В 2011 году
группа сталкеров подобралась очень близко к центру Зоны. В результате
случился сильнейший Выброс, который полностью изменил Зону. Там, где
ранее были безопасные территории, появлялись аномалии, в результате
чего целые отряды сталкеров оказывались запертыми среди них и погибали.
После
того, как «Выжигатель мозгов» был отключен и проход к центру Зоны
оказался открыт, правительство решает провести крупномасштабную военную
операцию под кодовым названием «Фарватер». Целью операции является
взятие ЧАЭС под контроль военных.